No te entiendo...
¿El servidor hostgator no tiene un ftp?
Te conectas al servidor X y obtienes los archivos.
Otra manera, que suelo hacer yo, comprimir los archivos en un tar, ponerlos en alguna ruta
http://xxx/archivo.tar y luego hacer un wget
http://xxx/archivo.tar
Como los servidores son veloces, pero eso solo lo hago cuando es gran cantidad de archivos.
Otra manera es tener un control de versiones y así cuando quieras actualizar los archivos solo tendrías que usar el comando de actualizar dentro de la carpeta correspondiente.
Son muchas maneras para no hacer lo que haces