Debes configurar una carpeta en la raiz del ftp para cada dominio:
/www
/dominio2.com
De modo que el index.php de la web 1 sea /www/index.php
Y el index.php de la web 2 sea /dominio2.com/index.php
En el navegador se verá así:
http://dominio1.com/index.php
http://dominio2.com/index.php
Tienes que configurarlo así (se que el dominio1.com no te va a aparecer en la lista, es un ejemplo).
http://i.imgur.com/6bklPdK.png
Es decir, en el FTP, la carpeta de un dominio no puede ir nunca en la carpeta de otro (como en tu caso).
No puedes tener la web 1 en /www
Y la web 2 en /www/dominio2.com
(Por poder puedes, pero no va a ser el resultado que quieres).