[mgsalinero]

Perfecto. Me alegro que lo hayas podido solucionar rápido y no se tratase de una ataque.

[Nandop]

Lo primero muchas gracias por las rápidas respuestas y su atención. Estoy viendo que estoy un poco verde todavía en esto de los servidores porque cometo fallos de novato.
El problema realmente era la configuración de MySQL ya que tenía poca memoria, y en el error.log se mostraba este mensaje en bucle:

140925 2:27:16 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
140925 2:27:16 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
140925 2:27:16 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
140925 2:27:16 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
140925 2:27:16 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.8
140925 2:27:16 InnoDB: Using Linux native AIO
140925 2:27:17 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
140925 2:27:19 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
140925 2:27:19 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
140925 2:27:19 InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
140925 2:27:21 InnoDB: Waiting for the background threads to start
140925 2:27:22 InnoDB: 5.5.38 started; log sequence number 150895893
140925 2:27:22 [Note] Server hostname (bind-address): '127.0.0.1'; port: 3306
140925 2:27:22 [Note] - '127.0.0.1' resolves to '127.0.0.1';
140925 2:27:22 [Note] Server socket created on IP: '127.0.0.1'.
140925 2:27:22 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
140925 2:27:22 [Note] /usr/sbin/mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.38-0ubuntu0.14.04.1' socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock' port: 3306 (Ubuntu)
140925 2:29:23 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
...

Con ayuda de un amigo y de este tutorial http://algoentremanos.com/optimiza-y...-servidor-vps/ ya parece que lo he solucionado y funciona bien la BBDD, ya se puede marcar este hilo como Solucionado.
Ahora me pondré con los puertos porque como bien dices hay que dejar abiertos solo los que se necesitan y ahora mismo está todavía con la configuración por defecto.

[mgsalinero]

1) Monitorizando regularmente las conexiones entrantes y ver a que servicios acceden
2) Cerrar puertos que no uses. Cierra TODOS los puertos y abre solo los que necesites para el funcionamiento de tu servidor.

En este segundo punto es importante recalcar que y para que usuario debes abrir los puertos:
- Puertos que usen los clientes que se conecten deberás abrirlos para todos (por ejemplo el de web -80-)
- Puertos que acceda solo el VPS deberás abrir el puerto solo para tu IP. (MySQL lo suele ejecutar solo la máquina servidora, el cliente no abre una conexión TCP con el servidor Mysql, o no debería por lo general)

-A INPUT -p tcp -m tcp -s IP --dport PUERTO -j ACCEPT

[Nandop]

Despues de que se me haya caido el servidor toda la tarde, cuando lo he reiniciado hace un momento ya ha vuelto todo a la normalidad:
1.93 GiB / 10 GiB Disco duro
236/1024 MB Memoria RAM
CPU al 0,7 %
Y con apenas 6 conexiones TCP por el puerto 80

Como puedo comprobar si he sufrido un ataque?

[mgsalinero]

¿Cuanto espacio en disco tienes disponible?

Ejecuta el proceso de MySQL y Apache y comprueba el número de conexiones abiertas TCP que tienes para comprobar si se trata de un ataque.

[Nandop]

Desde hace dos dias al acceder a mi web http://bluebeatsmusic.com/ , me da el mensaje "Error de conexión a base de datos", cuando estaba investigando el problema, me di cuenta que viendo procesos con el comando htop el VPS esta sobrecargado al 100% y con la memoria RAM y SWAP llena, cuando paro el servicio de mysql o el de apache desaparece inmediatamente el problema. ¿No se si tendra algun problema de conexion y por eso "se peta"? ¿o he sufrido algun tipo de ataque?

Alguien me puede echar una mano para arrojar algo de luz para saber si tengo algun problema con el apache o el mysql?

Tengo:
VPS classic con Ubuntu 12.04 server
Apache2
MySQL
Wordpress