Yo estoy empezando con cpanel también así que si la lio que me corrijan:
en el puerto 2087 escucha WHM: es la interfaz administrativa del servidor (donde configuras los servicios, añades cuentas de dominio o reseller, etc)
en el puerto 2083 escucha cPanel: es la interfaz de usuario, es decir, desde aqui solo acceden los usuarios o los administradores de dominio para crear sus cuentas de correo, ftp, mysql, etc etc
root es el administrador del servidor por tanto solo tiene que entrar al WHM, desde ahí creas 1 usuario que administre 1 dominio, y ese usuario debe entrar al cPanel para configurar el dominio.
Por ejemplo: tengo un cliente que quiere el dominio ejemplo.com, como root entro al WHM (puerto 2087) y creo el dominio ejemplo.com con el usuario ejemplo. Le mando un correo al cliente y le digo "entra a
https://ejemplo.com:2083/ con el usuario ejemplo contraseña ejemPass para configurar el dominio". El usuario entra a cPanel (puerto 2083) con su usuario y contraseña y ya se crea el sus usuarios de correo, subdominios, BD MySQL, etc..
Por supuesto, si como deferencia al cliente quieres entrar tu al 2083 y configurar tu el dominio para tu cliente nada te lo impide
Y... creo que ya está!